Gripas Cīnītājs: Džons Barness

2023 Autors: Stephanie Arnold | [email protected]. Pēdējoreiz modificēts: 2023-11-26 09:36

Iepazīstieties ar gripas cīnītāju Dr. Džonu Barnesu, mikrobiologu un CDC gripas genomikas komandas vadītāju. Pasaulē, kurā gripas (gripas) vīrusi pastāvīgi mainās un attīstās, šī komanda gadā pārbauda (secīgi) tūkstošiem gripas vīrusu genomus, meklējot jebkādas agrīnas brīdināšanas pazīmes, kas cita starpā varētu radīt nepatikšanas par to, cik labi sezonālās gripas vakcīna darbosies, lai aizsargātu mūs pret šiem vīrusiem. Būtībā komanda meklē izmaiņas (“mutācijas” vai “aizstāšanas”) gripas vīrusu gēnos. Gēnu sekvencēšana var arī sniegt ieskatu par to, kā gripas vīruss kļūst izturīgs pret pretvīrusu zālēm, kuras lieto gripas slimību ārstēšanai.

Pirms trim gadiem doktors Barness un viņa komanda uzņēmās monumentālu uzdevumu izveidot cauruļvadu, kas spētu secēt veselus gripas genomus no visiem gripas paraugiem, kas iesniegti ikdienas uzraudzībā - vienāds ar aptuveni 6000 paraugiem gadā! Šī misija ir CDC sasniegumu pamatā, izmantojot nākamās paaudzes tehnoloģijas kopā ar partneru laboratorijām, lai labāk izsekotu un uzraudzītu pastāvīgi mainīgo gripas vīrusu. Uzlaboto gripas molekulārās noteikšanas projektu pašlaik vada CDC un trīs citas sabiedrības veselības laboratorijas. Katra laboratorija izmanto nākamās paaudzes tehnoloģiju, lai ātri sakārtotu saņemtos gripas vīrusus, kartējot katra gripas vīrusa visus gēnus aptuveni 13 500 informācijas bitos par vīrusu. Šajā posmā katrs genoms tiek kartēts daudzkārt, kas palīdz nodrošināt galīgās genoma kartes precizitāti. Lai sniegtu priekšstatu par to, cik daudz datu viņi iegūst šī procesa laikā par vienu vīrusu, ja katrs informācijas bits būtu drukāts vārds uz vienas vietas ar 500 vārdu lapu, viens gripas vīruss būtu 27 lappuses garš - un tas 27 lappušu dokuments tiks izveidots no nulles simtiem reižu!

Lai pārvaldītu visus saražotos datus, CDC un partnerlaboratorijas izmanto mākoņdatošanu; šī skaitļošanas struktūra ļauj pētniekiem ātri apkopot, padarīt jēgu un koplietot datus. No šiem centieniem mēs iegūstam pastāvīgi atjauninātu cirkulējošo gripas vīrusu momentuzņēmumu un padziļinātu ieskatu par to iespējamo ietekmi uz sabiedrības veselību.

Vārds: John Barnes

Nosaukums: Pētniecības mikrobiologs un gripas genomikas grupas vadītājs

Atrašanās vieta: Atlanta, GA

Kādu lomu tu spēlē cīņā pret gripu? Es esmu CDC Influenza Genomics komandas vadītāja komanda, kas pārvalda vienu no lielākajām gripas gēnu secības noteikšanas laboratorijām pasaulē. Mēs sevi dēvējam par CDG gripas laboratorijas un uzraudzības darbu tehniķiem. Mūsu laboratorijā tiek analizēti gripas vīrusi no visas valsts un pasaules un tiek veikta nākamās paaudzes sekvencēšana, lai novērtētu dažādu gripas vīrusu ģenētiku un genomu struktūru. Mēs dalāmies pieredzē ar citām sabiedrības veselības laboratorijām visā Amerikas Savienotajās Valstīs, izmantojot mākonī balstītu skaitļošanas tehnoloģiju, kas ļauj CDC ekspertiem palīdzēt citiem ekspertiem apkopot un analizēt citu laboratoriju ģenerētos genomikas datus. CDC regulāri padara gēnu sekvences pieejamus citiem pētniekiem izpētei, ievietojot informāciju publiski pieejamās datu bāzēs, tai skaitā GenBank, Nacionālajā biotehnoloģijas informācijas centrā un Globālajā iniciatīvā visu gripas datu kopīgai izmantošanai (GISAID). Mērķis ir radīt lielu daudzumu sarežģītu datu, kas pēc tam tiek analizēti, lai sniegtu mums pilnīgu priekšstatu par cirkulējošajiem vīrusiem un to ietekmi uz valsts veselību

1. Kāda ir jūsu darba visienesīgākā daļa?

   Visnoderīgākais ir darbs pie tādas interesantas un ietekmīgas tēmas kā gripa. Es nāku no pētniecības fona, un tas, ko esmu atradis savā darbā CDC, mūsu pētījumiem ir tieša ietekme uz plašāku sabiedrības veselības ainu. Mēs apkopojam datus un ģenerējam ziņojumus, kas informē par svarīgiem lēmumiem par gripas profilaksi un sagatavotību. Mēs apkopojam datus, kas stāsta par vīrusu veidiem, kas cirkulē, un par to, kā viņi ir attīstījušies vai mainījušies salīdzinājumā ar pagātnē redzēto. Šī darba ietvaros mums ir arī iespēja sadarboties un ieviest jaunas tehnoloģijas, kas paplašina pieejamās informācijas daudzumu un dziļumu par gripas vīrusiem. Redzēt, kā jūsu darbs ietekmē dzīvi, ir aizraujoši un ļoti atalgojoši.

2. Kāda ir jūsu darba grūtākā daļa?

   Gripa ir gan aizraujošs, gan satraucošs vīruss, ko pētīt. Gripas vīrusiem ir unikāla spēja ļoti ātri pārvietoties pa ģenētisko telpu. Katru nedēļu tiek parādīts jauns “curveball”, kas burtiski varētu atstāt mūs skatīties uz vīrusu izmaiņām, kuras mēs vēl nekad neesam redzējuši. Lai saprastu un pilnībā saprastu gripas vīrusu ģenētiskās un genomātiskās izmaiņas un to ietekmi uz sabiedrības veselību, mums ir nepieciešams liels daudzums patiešām detalizētu datu. Tieši šeit mūsu laboratorijā nonāk modernā molekulārā tehnoloģija, lai padziļināti un vienlaikus plašāk izpētītu šos vīrusus.

3. Cik nopietna ir gripa? Kas cilvēkiem būtu jāzina par gripas risku?

   Gripa ir ļoti nopietna. Vēsturiski runājot, sezonālā gripa ir viena no nāvējošākajām slimībām pasaulē. Turklāt mēs saprotam, ka, attīstoties gripas vīrusiem, mēs vienmēr uzraugām un uzmanīgi novērojam dažus vīrusus, kuriem ir potenciāls attīstīties un izplatīties pandēmijas līmenī.

4. Ko jūs teiktu tiem, kuri vilcinās iegūt gripu?

   Gripas šāvieni ir bijuši jau labu laiku, un tiem ir teicami drošības rādītāji. Daži cilvēki atzīmē, ka gripa vissmagāk skar ļoti jaunus un ļoti vecus cilvēkus. Katrs cilvēks, kurš saņem vakcīnu pret gripu, samazina vīrusa izplatīšanās iespējas. Tam varētu būt būtiska ietekme uz to cilvēku aizsardzību, kuri ir pakļauti visaugstākajam riskam. Vakcinējoties pret gripu, jūs varat pasargāt ne tikai sevi, bet arī apkārtējos, kuri saslimstot var ciest visvairāk. Tā kā pasaule ceļojumu laikā ir kļuvusi mazāka, gripa ir jāsaprot globālā perspektīvā.